Спустя 2,5 года после своего ухода в Деревню Скрытого Листа возвращается Саске Учиха. Из его слов следует, что он осознал свою ошибку, после чего убил Орочимару и многих его последователей. Его словам не очень поверили, но добиться ничего другого не удалось даже великому Ибике Морино. Цунаде принимает решение понаблюдать за парнем, и он, вроде бы, ведет себя спокойно, но стал еще более мрачным и задумчивым. Подозревается, что он явился в Коноху не просто так.
Вернувшийся в деревню после обучения с саннином Джирайей Наруто очень обрадован, что Саске вернулся, но тоже не может не подмечать странностей в его поведении. Тем не менее, Наруто впервые счастлив, ведь вернулся он в Коноху уже не один, а со своей сестрой, Хаокой Узумаки (о ней будет более подробно рассказано в истории неканонов), которая, впрочем, тоже замечает неладное в Саске и даже не пытается выйти с ним на контакт и начинает учиться у Цунаде-сама медицинским дзютсу и проявляет огромный в этом деле талант.
Сакура Харуно невероятно обрадовано возвращению Саске и Наруто, хотя с Саске ей так и не удалось пообщаться. Наруто кажется ей теперь повзрослевшим и поумневшим, достойным шиноби. Сакура за это время обучилась у Цунаде почти всему и обрела невероятную физическую силу (ох, бедный Наруто).
Гаара пустынный становится Казекаге и подписывает договор о мире с Конохой. Его брат Канкуро становится джанином и по совместительству инструктором в Академии Суны. Здесь все тоже не так гладко, в Суне назревает заговор и замешаны в нем доверенные люди…
Могущественная организация Акацуки тоже не дремлет. Лидер разъярен последней неудачей Итачи и Кисаме и ставит их основным заданием захватить Наруто Узумаки, но пока не отпускает их на это задание. Он считает, что сначала слудет завладеть некоторой информацией и именно этим заданием предоставляет заняться Итачи и Кисаме. Дейдара же, Тоби и Сасори должны выполнить определенные условия, чтобы миссия Итачи и Кисаме удалась…(подробности будут высланы Пейну в ЛС) Остальные Акацуки пока находятся в лагере и ожидают указаний Пейна.
Но наиболее важным событием является восстание из мертвых (пока никому не известно каким образом) Мадары Учихи, основателя легендарного клана. Его игра также полна туманностей и никто не может понять, что замыслил он на самом деле.
Итак, после двухлетнего затишья события вновь набирают свои обороты.